Các ngành vi khuẩn

Theo quan điểm hiện đại (NCBI- National Center for Biotechnology Information, 2005) thì vi khuẩn bao gồm các ngành sau đây :

1.          -Aquificae
2.          -Thermotogae
3.          -Thermodesulfobacteria
4.          -Deinococcus-Thermus 
5.          -Chrysiogenetes
6.          -Chloroflexi
7.          -Nitrospirae
8.          -Defferribacteres
9.          -Cyanobacteria
10.          -Proteobacteria
11.          -Firmicutes
12.          -Actinobacteria
13.          -Planctomycetes
14.          -Chlamydiae/Nhóm Verrucomicrobia
15.          -Spirochaetes
16.          -Fibrobacteres /Nhóm Acidobacteria
17.          -Bacteroidetes/Nhóm Chlorobia
18.          -Fusobacteria
19.          -Dictyoglomi

Việc phân ngành dựa trên các đặc điểm hình thái, sinh lý, sinh hóa, sinh thái...

Căn cứ vào tỷ lệ G + C trong ADN người ta xây dựng được cây phát sinh chủng loại (Phylogenetic tree) và chia vi khuẩn thành 11 nhóm sau đây :

1.          -Nhóm Oxy hoá Hydrogen
2.          -Nhóm Chịu nhiệt
3.          -Nhóm Vi khuẩn không lưu huỳnh màu lục
4.          -Nhóm Deinococcus
5.          -Nhóm Vi khuẩn lam
6.          -Nhóm Proteobacteria
7.          -Nhóm Chlamydia
8.          -Nhóm  Planctomyces
9.          -Nhóm Spirochaetes (Xoắn thể)
10.          -Nhóm Vi khuẩn lưu huỳnh màu lục
11.          -Nhóm Cytophaga
12.          --Nhóm Vi khuẩn Gram dương