Nấm (Fungi, số ít là Fungus) là một giới riêng- Giới nấm (Fungi), khoa học nghiên cứu về nấm được gọi là Nấm học (Mycology).

Người ta đã biết đến nấm và sử dụng nấm từ thời cổ xưa. Theo Quách Mạt Nhược, tác giả Bộ Trung quốc sử cảo thì người Trung Quốc đã biết ăn nấm từ cách đây 6000-7000 năm . Nghề nấu rượu có sử dụng nấm men và nấm sợi đã xuất hiện ở Trung Quốc từ cách đây 7000-8000 năm. Việc sử dụng nấm làm dược liệu (Thần khúc) đã có ở Trung Quốc từ cách đây 2550 năm. Các nấm dùng làm thuốc như Phục linh, Chư linh, Linh chi , Tử linh, Lôi hoàn, Mã bột, Thiền hoa, Trùng thảo, Mộc nhĩ…đã được ghi trong sáchThần nông bản thảo kinh trong thời gian khoảng năm 100-200 sau Công nguyên.

Ở phương Tây , Ray ( 1684-1704) người Anh, đã căn cứ vào đặc điểm sinh thái là chính để phân 94 loại nấm thành 4 nhóm khác nhau trong sách Lịch sử thực vật. Sau đó là các nghiên cứu phân loại nấm lớn căn cứ vào hình thái của Magnol (1689), Tournefort (1694).

Khi Leewenhoek (1632-1723) làm ra chiếc kính hiển vi phóng đại được 200-300 lần thì người ta bắt đầu chú ý đến các nấm nhỏ hay gọi là vi nấm.Nhà khoa học Italia P.A.Micheli (1679-1737) là người đầu tiên dùng kính hiển vi để nghiên cứu nấm. trong tác phẩm Các chi thực vật mới (Nova Plantarum Genera) xuất bản năm 1729 ông đã nêu lên các bảng phân loại các chi nấm như Mucor, Tuber, Aspergillus…. Học giả Hà Lan D.C.H. Persoon (1761-1836) trong các sách Synopsis Methodica Fungarum và Mycologia Europeae đã đặt cơ sở cho phương pháp và hệ thống phân loại nấm . Học giả Thụy Điển E.M. Fries (1794-1878) đã có nhiều cống hiến trong việc phân loại các nấm lớn. Khoảng 100 năm sau đó việc phân loại đa số nấm lớn đều dựa trên nghiên cứu của Fries.

Người đầu tiên vận dụng thuyết tiến hóa của Darwin vao việc phân loại nấm là nhà khoa học Đức H.A.De Bary (1831-1888). Ông đã xuất bản sách Hình thái học và sinh lý học nấm vào năm 1866 với cơ sở phân loại dựa trên trật tự tiến hóa. Ông còn nghiên cứu nguồn gốc và tiến hóa của nấm, sáng tạo nên giả thuyết Đơn nguyên luận.

Về sinh lý học, năm 1869 J.Raulin phát hiện nguyên tố vi lượng Zn rất cần cho sự sinh trưởng của Asperrgillus niger; năm 1901 E.Wilders cho biết để sinh trưởng nấm còn cần các nhân tố như Biotin, Thiamin, Inositol…

Về Di truyền học Blakeslee (1904) phát hiện ra sự phối hợp của các sợi nấm khác giới tính ở nấm Mucor. Sau đó là các phát hiện tương tự của Kniep (1920 với nhiều loài nấm Đảm, Dodge (1928) với nấm Neurospora. Về sau với nấm Neurosporra người ta đã nghiên cứu sâu về di truyền học và trên cơ sở các nghiên cứu này mà Beadles (1945) mới đề xuất được học thuyết Một gen-một enzym.

Nhà nấm học Italia P. A. Saccardo (1845-1920) đã chỉnh lý các nghiên cứu về nấm và biên soạn bằng tiếng La Tinh 25 tập Kỷ yếu Nấm.

Tiến bộ của Sinh học phân tử và kỹ thuật kính hiển vi điện tử đã đem lại một diện mạo mới cho việc nghiên cứu phân loại học và sinh lý học nấm. Các thành tựu nghiên cứu đã được tổng kết khá đầy đủ trong 5 tập sách Giới Nấm (The Fungi) của G. C. Ainsworth và cộng sự (Vol 1, 2.3.4A.4B. New York and London: Academic Press, 1963-1973). Năm 1995 đã tái bản lần thứ 8 cuốn Từ điển về nấm (Dictionary of the Fungi) của Ainsworth và Bisby. Nấm được chia thành 4 ngành (Division, Phylum):

- Ngành Chytridiomycota

- Ngành Zygomycota

- Ngành Ascomycota

¬- Ngành Basidiomycota

Theo thuật ngữ Latinh tên các taxon trong phân loại nấm là như sau: Ngành-mycota; Ngành phụ-mycotina; Lớp- mycetes; Lớp phụ- mycetidae; Bộ-ales; Bộ phụ- ineae;Họ-aceae; Họ phụ- oideae.

Chúng tôi sử dụng hệ thống phân loại theo Giáo trình nấm học CBS. ( CBS Course of Mycology ), lần xuất bản thứ 4, Baarn, Delft, 1998:

Các loài nấm không tìm thấy (đúng ra là chưa tìm thấy) dạng sinh sản hữu tính được xếp chung vào nhóm Nấm bất toàn – Fungi imperfecti. Theo hệ thống phân loại của Saccardo (1880,1886) thì các nấm này được xếp thành một lớp- Lớp Deuteromycetes. Khi phát hiện thấy cơ quan sinh sản hữu tính thì người ta đổi tên loài và xếp sang các lớp khác. Ví dụ nấm lúa von trước kia được gọi là Fusarium moniliforme, nhưng sau khi tìm thấy cơ quan sinh sản hữu tính thì lại chuyển thành loài Gibberella fujikuroi. Các nấm bất toàn hiện được xếp trong các nhóm conidial Ascomycetes hay conidial Basidiomycetes.

Hiện nay người ta cho rằng trong tự nhiên có khoảng 1 triệu đến 1,5 triệu loài nấm nhưng mới định tên được khoảng 10 000 chi và 70 000 loài, Trung Quốc đã điều tra được 40 000 loài. Riêng các loài nấm thuộc Nấm bất toàn ở nước ta hiện mới chỉ phát hiện được 338 loài thuộc 306 chi khác nhau (Bùi Xuân Đồng, 2004). Bảo tàng giống chuẩn vi sinh vật (VTCC) thuộc Trung tâm Công nghệ sinh học Đại học Quốc gia Hà Nội đang hợp tác với Viện NITE của Nhật Bản điều tra nghiên cứu khu hệ vi nấm ở Việt Nam và có nhiều khả năng tìm thấy những loài mới trong khoa học.

Vậy những loài nấm nào là Vi nấm (Microfungi)? Đó là tất cả các nấm không có mũ nấm (quả thể, fruit-body) có thể thấy rõ bằng mắt thường. Người ta gọi những nấm có mũ nấm là các nấm bậc cao. Tuy nhiên khi nuôi cấy sợi nấm của các nấm bậc cao để nghiên cứu hoặc để sản xuất sinh khối thì chúng cũng được coi như vi nấm và là đối tượng nghiên cứu của ngành Vi sinh vật ( giống như các loài vi nấm khác). Để nghiên cứu vi nấm bắt buộc phải quan sát dưới kính hiển vi và phải nuôi cấy trong các điều kiện vô khuẩn như đối với vi khuẩn.

Căn cứ cào hình thái người ta chia vi nấm thành hai nhóm khác nhau: nhóm Nấm men (Yeast) và nhóm Nấm sợi (Filamentous fungi), Chúng chỉ khác nhau về hình thái chứ không phải là những taxon phân loại riêng biệt. Nhiều nấm men cũng có dạng sợi và rất khó phân biệt với nấm sợi