Duy trì khả năng sống của vi sinh vật bảo quản:

         Trong khi thực hiện các phương pháp bảo quản và trong quá trình bảo quản các tế bào vi sinh vật sẽ bị chết do đó phải áp dụng phương pháp bảo quản thích hợp nhằm hạn chế thấp nhất khả năng chết của tế bào.

Quan tâm đến số lượng tế bào khi tiến hành bảo quản:

         Trong quá trình bảo quản thì số lượng tế bào vi sinh vật giảm dần theo thời gian do vậy cần tính toán số lượng vi sinh vật tại thời điểm bảo quản thích hợp để duy trì số lượng vi sinh vật sống trong thời gian bảo quản dài.

Duy trì đặc tính di truyền ổn định của chủng vi sinh vật bảo quản:

         Nói chung với các chủng vi sinh vật bảo quản, đặc biệt với các chủng vi sinh vật chuẩn, các chủng vi sinh vật có ứng dụng trong công nghiệp thì yêu cầu duy trì đặc tính sinh học, tính trạng di truyền là rất quan trọng. Các phương pháp bảo quản không thích hợp có thể dẫn đến đột biến hoặc mất plasmid. Vì vậy cần phải chọn các phương pháp bảo quản thích hợp cho các chủng này.

Tính thuần chủng của vi sinh vật bảo quản:

         Chủng vi sinh vật từ khi bảo quản đến khi sử dụng phải đảm bảo thuần chủng đúng theo tên và các đặc điểm sinh học đặc trưng. Đây cũng là yêu cầu tiên quyết đối với công việc của một Bảo tàng vi sinh vật, do vậy mà các thao tác và phương pháp tiến hành phải được thực hiện sao cho hạn chế tới mức tối thiểu đối với các chủng bảo quản nhằm tránh tạp nhiễm.

Kinh phí cần cho Bộ sưu tập vi sinh vật:

         Kinh phí bao gồm kinh phí về lương cho cán bộ, thiết bị, vật tư hoá chất, nhà xưởng và điện nước tiêu hao. Các kinh phí này tuỳ thuộc vào quy mô của Bộ sưu tập giống vi sinh vật và phương pháp bảo quản, phạm vi dịch vụ thực hiện đối với khách hàng.

Bảng 1. Quy mô của một số bộ sưu tập giống vi sinh vật.

Bảng 2. Giá thành cho bảo quản mỗi chủng vi sinh vật hàng năm

Bảo quản các chủng có giá trị:

         Đối với các chủng vi sinh vật có giá trị thì tuỳ theo yêu cầu mà cần thực hiện nhiều phương pháp khác nhau cũng như bảo quản tại các nơi khác nhau để hạn chế khả năng mất các đặc tính quý cũng như mất chủng do những rủi ro ngẫu nhiên (cháy nổ, động đất, chiến tranh v.v..).

Cung cấp chủng giống cho khách hàng:

         Đối với các chủng cần cung cấp nhiều cho khách hàng (hoặc các chủng cần cho nghiên cứu thường xuyên) thì cần phải bảo quản với số lượng lớn với phương pháp thích hợp cho việc vận chuyển đến khách hàng.

Cung cấp các thông tin liên quan đến chủng bảo quản:

         Chất lượng của Bộ sưu tập giống liên quan đến các số liệu, thông tin về từng chủng vi sinh vật bảo quản. Do đó, nhu cầu nghiên cứu để thu nhận các thông tin cần thiết cung cấp cho khách hàng là rất quan trọng.

Kiểm tra chất lượng chủng vi sinh vật bảo quản:

         Các chủng của Bộ sưu tập vi sinh vật cần phải tuân theo các qui định nghiêm ngặt kiểm tra định kỳ theo từng thời gian bảo quản như tỷ lệ sống sót, mức tạp nhiễm, thay đổi đặc tính di truyền như dấu chuẩn di truyền, sự tồn tại của plasmid, đặc điểm phân loại, khả năng sinh các chất có hoạt tính sinh học…Một trong các cách đánh giá khả năng sống sót của chủng vi sinh vật bảo quản là dựa theo phương trình sau:

t = 8Log(So/Log So-Log Sac)

Trong đó:    t - Thời gian của mẫu bảo quản trong ampoule.

                            So - Số lượng tế bào sống sót ngay sau khi bảo quản.

                             Sac - Số lượng tế bào sống sót ngay sau khi tiến hành thí nghiệm.

Cơ sở dữ liệu của Bộ sưu tập vi sinh vật:

         Ngày nay, khi tin học là lĩnh vực xâm nhập và làm thay đổi sâu sắc đến mọi lĩnh vực đời sống thì việc quản lý Bộ sưu tập vi sinh vật không còn là một ngoại lệ. Người ta đã ứng dụng các phần mềm máy tính phù hợp để quản lý các chủng vi sinh vật bảo quản, các thông tin liên quan cũng như chương trình kiểm tra chất lượng định kỳ. Sử dụng tin học là công việc có tiện ích lớn, nó giúp cho người quản lý nắm bắt được toàn bộ thông tin cũng như lý lịch của các chủng vi sinh vật và dễ dàng tra cứu, làm báo cáo khoa học theo các tiêu chí riêng. Nói chung với các bộ sưu tập có số lượng vi sinh vật không lớn thì có thể sử dụng phần mềm: Microsoft Access, Access Visual Basic.