Mẫu đất.

Mẫu đất là mẫu có hiệu quả nhất và chúng ta có thể phân lập nấm trên mẫu đất với số lượng lớn. Chúng ta có thể lấy mẫu đất ở nhiều nơi chẳng hạn như  ở ruộng lúa, nơi trồng cây lấy hạt hoặc cánh đồng trồng rau, dưới rừng tùng hay dưới rừng tán lá rộng, ở vùng núi cao, ven bừ suối,... Thông thường nấm phân lập được từ mẫu đất gọi là nấm đất, nhưng một số nấm phân lập được ở đáy hồ ao, sông suối hay đáy biển lại gọi là nấm ưa nước hay nấm ưa mặn.

Để phân lập được nhiều loài nấm khác nhau, chúng ta nên lấy mẫu đất trên bề mặt dưới lớp lá cây mục bởi vì quần thể nấm tập trung trên lớp đất bề mặt nhiều hơn là phần dưới đất sâu. Khi lấy mẫu ta gạt bỏ lớp lá mục để lộ bề mặt lớp đất và dùng thìa sạch lấy phần đất bề mặt đó cho vào túi ni lông. Đồng thời ghi các thông số cần thiết về nơi lấy mẫu: địa chỉ, kinh độ, vĩ độ, ngày lấy mẫu, tình trạng lấy mẫu, nhiệt độ lúc lấy mẫu, người lấy mẫu.

Lá và cành cây khô:

Nấm Sợi phân lập từ lá và cành cây khô gọi là nấm rác (litter fungi). Để phân lập nấm rác có hiệu quả chúng ta phải lấy mẫu lá và cành cây tốt, trong trường hợp nấm rác, chúng ta phân lập được các loài nấm khác nhau khi lấy mẫu ở độ sâu khác nhau trong cùng một mẫu.

Mẫu lá cây khô lấy được nên để trong túi bằng giấy và nên xử lý ngay để phân lập, vì nếu để lâu theo thời gian mẫu khô dần, nấm rác trong mẫu sẽ phát triển kém đi và các vi sinh vật bên ngoài sẽ xâm nhiễm vào.

Vì thế phải ghi rõ tên thực vật lấy mẫu, độ phân huỷ của lá cây rụng, nơi lấy mẫu (kinh dộ, vĩ độ, địa chỉ), ngày tháng lấy mẫu, người lấy mẫu.

Lá tươi và vỏ cây:

Có ít nhất 3 nhóm nấm phân lập từ lá cây tươi, nhóm thứ nhât là nấm bề mặt lá (phyloplane fungi). Nhóm thứ 2 thuộc về nấm gây bệnh, bao gồm ký sinh bắt buộc và không bắt buộc. Nhóm thứ 3 là nấm thực vật hoại sinh, nhưng sự khác nhau giữa nhóm thứ 3 này và nhóm kí sinh không bắt buộc không phải lúc nào cũng rõ ràng.

Trong khi lấy mẫu lá cây tươi và vỏ cây, luôn phải ghi nhớ 6 điều sau:

1, Quá trình phân huỷ có thể đã diễn ra, mặc dù trông bề ngoài lá vẫn như đang còn tươi (đặc biệt điều này hay diễn ra ở vùng nhiệt đới).

2, Hệ sinh thái nấm trên lá thực vật sau khi ngắt có thể khác đi so với khi chúng còn trên cây.

3, Tính đa dạng sinh học của nấm ở lá tươi còn non sẽ kém hơn ở lá đã trưởng thành.

4, Hệ sinh thái nấm có thể khác nhau giữa bề mặt lá và mặt sau của lá.

5, Trong cùng một cây độ cao lấy mẫu của chúng sẽ cho hệ sinh thái nấm khác nhau.

6, Mỗi loài thực vật khác nhau sẽ phân lập được các chủng nấm đặc hiệu, ví dụ như loài nấm Trochophora simplex chỉ phân lập được từ cây Daphniphyllum macropodium.

Đặc biệt khi phân lập nấm từ mẫu lá và vỏ cây thực vật chúng ta rất khó có thể phân lập được loài nấm trong thực vật gọi là nấm nước trên cạn (terrestrial aquatic fungi). Bởi vì nhóm nấm này sinh trưởng rất chậm và không dễ dàng sinh bào tử như những nấm trên bề mặt, nấm gây bệnh hay cácnấm hoại sinh khác. Vì thế khó có thể phân lập các loài nấm này từ lá cây hay từ vỏ cây nếu chỉ sử dụng những kỹ thuật phân lập thông thường.

Nấm nước trên cạn sinh bào tử nhanh chóng nếu có nước kích thích, chẳng hạn gặp mưa, sương. Chúng ta lấy mẫu sau khi trời mưa hoặc lấy mẫu từ những giọt sương đọng trên cành lá.

Phân.

Thành phần hữu cơ trong phân là rất lớn, do đó khu hệ vi sinh vật trong đó vô cùng đa dạng. Những loài nấm có thể tồn tại được trên phân động vật được gọi là nấm phân. Sự thay đổi của nấm phân xuất hiện trên một mẫu phân động vật là một ví dụ điển hình về tính kế thừa ở nấm. Xuất hiện đầu tiên là ngành nấm tiếp hợp Zygomycota (ví dụ Basidiobolus), tiếp đến là Pyrenomycetes, Plectomycetes, và Discomycetes của ngành nấm túi Ascomycota (ví dụ Arthroderma, Gymnoascus,...) rồi đến các nấm hoại sinh (Ví dụ Arthrobotrys, Oedocephalum, Scopulariopsis,...) và cuối cùng là nấm đảm Basidiomycota (ví dụ Corprinus) [5].

Người ta thường phân lập nấm phân từ phân động vật ăn cỏ chẳng hạn như phân ngựa, cừu, dê, thỏ, gia súc, và thậm chí  là chuột cũng đã được công bố. [5]

Côn trùng.

Những côn trùng nhỏ bé, chẳng hạn như amip, giun đất, ve rận, sâu bọ,.... là những mẫu tốt dùng cho phân lập nấm. Đặc biệt là nấm hoại sinh giun tròn (nematode-trapping fungi).

Nước ngọt và các vật liệu có trong nước ngọt.

Từ mẫu nước ngọt chủ yếu phân lập được 2 nhóm nấm: nhóm thứ nhất là Chytridiomycota,  nhóm thứ 2 là các loài nấm ưa nước, ưa nước hiếu khí. Để phân lập nhóm nấm này, nên lấy mẫu nước ngọt và lá rơi ở những ổ sinh thái nước, chẳng hạn như ở sông, suối, ao hồ. Đặc biệt nấm ưa nước dễ dàng bị mắc vào những khúc gỗ mục dưới lòng suối hay đằng sau các hốc đá có dòng nước chảy tạo bọt.

Nước mặn và các vật liệu có trong nước mặn.

Nấm sợi sống ở nước mặn gọi là nấm sợi ưa mặn, những đặc điểm hình thái và sinh lý của chúng giúp chúng thích nghi được với môi trường mặn. Có 2 nhóm nấm ưa mặn: một loại là ưa mặn bắt buộc (toàn bộ vòng đời của chúng trải qua trong môi trường mặn); loại kia là ưa mặn không bắt buộc (phần lớn có thể phân lập được chúng trong môi trường đất và cả trong môi trường mặn).

Để phân lập nấm ưa mặn, ta có thể lấy mẫu từ các cành củi mục, thực vật ưa mặn, thực vật ven biển, từ cát ở bãi biển và từ nước biển, đặc biệt là bọt biển là mẫu rất tốt để phân lập nấm ưa mặn.

Tóm lại: Để lấy mẫu phân lập nấm thì bất kỳ loại mẫu nào cũng đều tốt, đều quan trọng, điều chủ yếu vẫn dựa vào mục đích phân lập nhóm nấm nào cần thiết cho công tác nghiên cứu để sự lựa chọn mẫu và phương pháp lấy mẫu.

Trên cùng một cơ chất, có thể có nhiều nhóm nấm tồn tại mỗi nhóm lại có một chu kỳ sống khác nhau, nên phân lập ở nhiều thời điểm khác nhau và bằng các phương pháp khác nhau thì có thể phân lập được loài mới hay tìm ra một hệ sinh thái mới của nấm.