Protein không cấu trúc

Protein không cấu trúc có thể được gói vào trong virion, nhưng không phải là thành phần cấu tạo virion. Đây là các enzym tham gia vào quá trình nhân lên của virus, ví dụ enzym phiên mã ngược, proteaza và integraza của virus retro, timidinkinaza và ADN polymeraza của HSV. Protein không cấu trúc khác chỉ có mặt trong tế bào nhiễm mà không được đưa vào virion, bao gồm các protein tham gia vào quá trình điều hoà sao chép, phiên mã, dịch mã (ví dụ Tat của HIV, Protein màng trong của HSV, helicaza, protein gắn ADN...); protein ức chế quá trình tổng hợp acid nucleic và protein của tế bào chủ. Ngoài ra thuộc loại này còn có các protein gây ung thư do các oncogen mã hóa; các protein gây chuyển dạng tế bào, như kháng nguyên T lớn của SV-40 hoặc protein EBNA của virus Epstein.Barr. ở một số virus có protein không cấu trúc liên quan đến hoạt tính anti-apoptosis và anti-cytokin...

Protein cấu trúc

Protein cấu trúc tham gia vào cấu tạo hạt virus, làm cho chúng có hình dạng, kích thước nhất định và bảo vệ genom của virus khỏi các điều kiện bất lợi. Protein cấu trúc bao gồm protein của nucleocapsid, protein nền (matrix), protein vỏ ngoài (Hình 3). Protein nucleocapsid có thể tự lắp ráp (ví dụ ở TMV, polio) hay lắp ráp với sự trợ giúp của một khung protein tạm thời, làm nhiệm vụ dàn giáo để tạo đầu phage hoặc cấu trúc khối đa diện, protein này chỉ tồn tại khi lắp ráp nucleocapsid và sẽ bị mất đi ở virus trưởng thành. Ví dụ capsid của virus polio có cấu tạo tương đối đơn giản, gồm 4 protein là VP1, VP2, VP3 và VP4. Các protein này tham gia lắp ráp tạo capsid thông qua một cấu trúc tiền chất (procapsid), bao gồm VPO (một protein tiền chất) và VP1, VP3. Protein VPO lại được cắt thành VP2 và VP4 khi vỏ capsid tiến hành lắp ráp với acid nucleic của nó. Capsid của virus reo phức tạp hơn nhiều. Đây là capsid trần có hai lớp vỏ. Protein capsid ngoài chức năng bảo vệ acid nucleic genom và lắp ráp để hình thành virion còn phải tương tác với acid nucleic genom trong suốt quá trình lắp ráp. Sự bao gói phân tử acid nucleic vào trong vùng xác định, cần phải có sự sắp xếp và nén genom lại và báo hiệu sự kết hợp với protein capsid đã lựa chọn, thông qua liên kết hóa học. Ví dụ protein N của virus rhabdo và protein NP của virus cúm là các protein có acid amin mang điện tích dương sẽ tương tác với acid nucleic mang điện tích âm, nên chúng sẽ hút nhau, tạo thuận lợi cho việc lắp ráp. Việc bọc gói sẽ trở nên phức tạp hơn khi virus có genom nhiều đoạn, ví dụ ở virus cúm có 8 đoạn ARN cần phải bọc gói trong cùng một vỏ capsid.Vỏ ngoài bao quanh nucleocapsid được hình thành từ màng nhân, màng sinh chất hoặc màng lưới nội chất khi virus nảy chồi. Phía trong của vỏ ngoài là protein glycolipid.Protein nền là protein nằm phía trong, giữa vỏ capsid và vỏ ngoài, giữ mối liên kết giữa hai vỏ này. Chúng thường không được glycosyl hóa và có thể chứa các protein xuyên màng để làm neo, hoặc có thể liên kết với màng nhờ các vùng kỵ nước nằm trên bề mặt hoặc nhờ mối tương tác giữa protein của chúng với glycoprotein vỏ ngoài. ở HSV, khoảng không giữa vỏ ngoài và capsid là lớp vô định hình được xem như một lớp màng (tegument). Glycoprotein ngoài của virus được neo vào vỏ nhờ các protein xuyên màng. Phần lớn chúng nằm nhô ra phía ngoài vỏ với một cái đuôi ngắn ở phía trong. Nhiều glycoprotein là monome, chúng ghép lại với nhau tạo thành những chiếc gai có thể quan sát được dưới kính hiển vi điện tử. ở các virus có vỏ ngoài, các gai này có chức năng kháng nguyên, ví dụ gai G ở virus dại, gai gp 120 ở HIV và gai HA ở virus cúm. Ở cả virus trần (ví dụ polio) và virus có vỏ ngoài các protien cấu trúc này sẽ tương tác với receptor trên bề mặt tế bào chủ để mở đầu cho quá trình gây nhiễm. Cơ thể chống trả lại thông qua đáp ứng miễn dịch. Dựa vào mối tương tác này để thiết kế vacxin chống virus.

1 : Nucleocapsid2: Protein nền3: Vỏ ngoài4: Cầu disulfur5: Đuôi trong gắn protein nền6: Kênh vận chuyển7: Glycoprotein (gai phụ)8: Protein vận chuyển màng 9: Glycoprotein vỏ ngoài

Hình 3. Một số lớp protein liên kết với vỏ ngoài virus. Các protein nền nối vỏ ngoài với nucleocapsid. Glycoprotein do virus mã hóa được gắn sẵn vào vỏ ngoài để đảm nhiệm nhiều chức năng. Các gai glycoprotein chịu trách nhiệm nhận biết thụ thể bề mặt của tế bào và gắn vào đó trong khi các protein xuyên màng hoạt động như là những kênh vận chuyển qua vỏ ngoài. Các protein bắt nguồn từ tế bào chủ đôi khi cũng liên kết với vỏ ngoài nhưng với lượng nhỏ. (Cann.A, Principle of Molecular Virology,1993, Academic press).

Tất cả các protein của virus đều được dịch mã từ mARN của virus. Các mARN này có thể

a)- được phiên mã từ genom ADN của virus (ví dụ HSV), hoặc

b)- từ mạch bổ sung với genom ARN âm (ví dụ virus cúm) hoặc

c)-chính là genom của virus ARN dương (ví dụ virus bại liệt) Protein của virus có thể được xử lý sau dịch mã. Lúc đầu tổng hợp một protein lớn (polyprotein) sau đó nhờ proteaza phân cắt để tạo các phân tử nhỏ (ví dụ polyprotein của virus polio, phức hợp gag-polymeraza của virus HIV). Chúng có thể được phosphoryl hóa. Mức độ phosphoryl hóa thường xác định mức độ chức năng của protein (ví dụ protein N và NS của virus rhabdo). Sự gắn gốc đường vào protien (glycosyl hoá) là gắn cả với N và O. Đối với nhiều protein virus (thường là glycoprotein vỏ ngoài) gốc đường có thể chiếm 70% trọng lượng protein. Các biến đổi sau dịch mã khác như myristyl hóa, acyl hoá và palmitoyl hóa cùng được tiến hành.  

Hình 4. Sơ đồ các họ và chi của phage. Theo Prescott L. M. et al., Microbiology 6th ed. Intern. Ed., 2005  

Hình 5. Sơ đồ mô tả các họ và chi của virus thực vật. Theo Prescott L. M. et al. , Microbiology 6th ed. Intern ed. , 2005  

Hình 6. Sơ đồ miêu tả các họ và chi của virus ký sinh ở động vật không xương sống (RT chỉ virus chứa enzym phiên mã ngược). Theo Prescott L. M. et al., Microbiology 6th ed. Intern ed., 2005