Nhóm I (có tác giả gọi là bộ Chroococcales):

Hình que hoặc hình cầu đơn bào, không có dạng sợi hay dạng kết  khối (aggregate); phân đôi hoặc nẩy chồi; không có dị tế bào (heterocytes). Hầu hết không di động. Tỷ lệ G+C là 31-71% . Các chi tiêu biểu là:

• Chamaesiphon
• Chroococcus
• Gloeothece
• Gleocapsa
• Prochloron

Nhóm II (có tác giả gọi là bộ Pleurocapsales):

Hình que hoặc hình cầu đơn bào. có thể tạo dạng kết khối (aggregate); phân cắt nhiều lần tạo ra các baeocytes; không có dị tế bào.Chỉ có các baeocytes là có di động. Tỷ lệ G+C là 40-46% . Các chi tiêu biểu là:

• Pleurocapsa
• Dermocapsa
• Chroococcidiopsis

Nhóm III (có tác giả gọi là bộ Oscillatorriales):

Dạng sợi (filamentous) ; dạng lông (trichome) không phân nhánh chỉ có ở các tế bào dinh dưỡng; phân đôi trên mặt phẳng, có kiểu đứt đoạn (fragmentation); không có dị tế bào; thường di động. Tỷ lệ G+C là 34-67%. Các chi tiêu biểu là:

• Lyngbya
• Osscillatoria
• Prochlorothrix
• Spirulina
• Pseudanabaena

Nhóm IV (có tác giả gọi là bộ Nostocales) :

Dạng sợi ; dạng lông (trichome) không phân nhánh có thể chứa các tế bào biệt hoá (specialized cell) ; phân đôi trên mặt phẳng, có kiểu đứt đoạn tạo thành đoạn sinh sản (hormogonia) ; có tế bào dị hình ; thường di động có thể sản sinh  bào tử màng dày (akinetes). Tỷ lệ G+C là 38-47%. Các chi tiêu biểu là :

• Anabaena
• Cylindrospermum
• Aphanizomenon
• Nostoc
• Scytonema
• Calothrix

Nhóm V (có tác giả gọi là bộ Stigonematales) :

Lông (trichome) dạng sợi, phân nhánh hoặc do các tế bào nhiều hơn một chuỗi tạo thành ; phân đôi theo nhiều mặt phẳng, hình thành đoạn sinh sản (hormogonia) ; có tế bào dị hình ; có thể sản sinh bào tử màng dày ( alkinetes), có hình thái phức tạp và biệt hóa (differentiation). Tỷ lệ G+C là 42-44%. Các chi tiêu biểu là :

• Fischerella
• Stigonema
• Geitlerinema

Theo NCBT (2005) thì Vi khuẩn lam bao gồm những bộ sau đây:

• Chlorococcales
• Gloeobacteria
• Nostocales
• Oscillatoriales
• Pleurocapsales
• Prochlorales